স্বাধীন বাংলাদেশের আদালতে প্রথম যে মামলার শুনানি হয়েছিল, সেটি ছিল বিখ্যাত আগরতলা ষড়যন্ত্র মামলা। এই মামলাটি মূলত পাকিস্তানি শাসকদের বিরুদ্ধে ষড়যন্ত্র করার অভিযোগে বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিবুর রহমানসহ ৩৫ জন বাঙালি রাজনৈতিক নেতা ও সামরিক কর্মকর্তার বিরুদ্ধে দায়ের করা হয়েছিল। ১৯৬৮ সালে শুরু হওয়া এই মামলায় পাকিস্তানের শাসক
গোষ্ঠী পূর্ব পাকিস্তানের জনগণের স্বাধীনতার দাবি দমনে বঙ্গবন্ধুকে শাস্তি দেওয়ার চেষ্টা করেছিল।
স্বাধীনতার পর ১৯৭২ সালে এই মামলার পুনঃশুনানি শুরু হয় এবং এটিই স্বাধীন বাংলাদেশের আদালতে প্রথম মামলার শুনানি হিসেবে গণ্য হয়। মামলাটির মূল উদ্দেশ্য ছিল দেশের স্বাধীনতার জন্য লড়াই করা বাঙালি নেতাদের বিচার করা, কিন্তু শেষ পর্যন্ত এই মামলার মাধ্যমে বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিবুর রহমান জাতীয় নায়ক হিসেবে প্রতিষ্ঠিত হন।